Sinopse: Em um mundo pós-apocalíptico, o último assentamento humano restante no Japão é a cidade fortemente fortificada de Tóquio-3. Shinji Ikari, de quatorze anos, é levado à sede da NERV, uma organização subterrânea liderada por seu pai afastado, Gendou. Ele solicita que Shinji se torne um piloto de um "Evangelion", um andróide colossal construído para lutar contra criaturas alienígenas monstruosas e destrutivas conhecidas como "Angels" que causam estragos no planeta e ameaçam a sobrevivência da raça humana restante. Embora inicialmente relutante, Shinji é influenciado pela ideia de se reconciliar com seu pai e concorda em ajudar no perigoso esforço da humanidade contra sua ameaça alienígena, como o piloto da Unidade Evangelion-01. Empurrado para o meio de um campo de batalha perigoso, Shinji deve encontrar a coragem e a determinação necessárias para enfrentar as incursões dos Angels antes que seja tarde demais.