Sinopse: Quinze anos após um evento cataclísmico conhecido como Segundo Impacto, o mundo enfrenta uma nova ameaça: seres celestiais monstruosos chamados Anjos invadem Tóquio-3 um por um. A humanidade é incapaz de se defender contra os Anjos, apesar de utilizar suas munições e táticas militares mais avançadas. A única esperança para a salvação humana está nas mãos da NERV, uma misteriosa organização liderada pelo frio Gendou Ikari. A NERV opera robôs humanoides gigantes apelidados de "Evangelions" para combater os Anjos com armamento avançado de última geração e barreiras de proteção conhecidas como Campos de Terror Absoluto. Anos após ser abandonado por seu pai, Shinji Ikari, o filho de 14 anos de Gendou, retorna a Tóquio-3. Shinji passa por uma batalha interna perpétua contra o trauma profundamente enterrado causado pela perda de sua mãe e a negligência emocional que sofreu nas mãos de seu pai. Aterrorizado em se abrir para outro, a vida de Shinji muda para sempre ao conhecer Misato Katsuragi, de 29 anos, uma oficial de alta patente da NERV que lhe mostra uma gentileza maternal de espírito livre que ele nunca experimentou. Um devastador ataque de Angel força Shinji a agir enquanto Gendou revela seu verdadeiro motivo para convidar seu filho de volta para Tóquio-3: Shinji é a única criança capaz de pilotar com eficiência o Evangelion Unit-01, um novo robô que sincroniza com sua biometria. Apesar do trauma psicológico brutal causado por pilotar um Evangelion, Shinji defende Tóquio-3 contra a ameaça angelical, alheio às maquinações obscuras de seu pai.