Sinopse: Quatorze anos após o Terceiro Impacto, a Terra é um deserto pós-apocalíptico, a civilização humana está em ruínas, e as pessoas que Shinji Ikari conhece estão quase irreconhecíveis. Preso dentro da Unidade Evangelion-01, ele é resgatado do espaço por Asuka Langley Shikinami e Mari Illustrious Makinami, apenas para se encontrar prisioneiro da WILLE, uma facção militar liderada por sua antiga guardiã Misato Katsuragi. Frios e amargos, seus antigos aliados o veem com suspeita e se recusam a apoiá-lo enquanto ele lida com as consequências de suas ações. Um Shinji magoado e confuso é resgatado da WILLE por Rei Ayanami e retorna à sede da NERV. Lá, ele conhece e rapidamente faz amizade com o enigmático Kaworu Nagisa, que lhe oferece calor e percepção sobre o estado da guerra da NERV com os Anjos. Mas o breve descanso de Shinji e Kaworu ocorre na véspera de uma nova batalha, na qual Shinji descobre que seus inimigos não são mais Anjos, mas antigos camaradas. Neste amargo confronto para determinar o futuro do mundo, Shinji aprenderá em primeira mão que o passado realmente não pode ser desfeito.