Sinopse: Ocorrendo um ano antes dos Zentraedi chegarem à Terra, Macross Zero narra os dias finais da guerra entre a ONU Espacial e as facções anti-ONU. Depois de ser abatido pelo mais novo avião de combate da anti-ONU, o piloto ás Shin Kudo se encontra na remota ilha de Mayan, onde a tecnologia é quase inexistente. Enquanto Shin fica na ilha para curar suas feridas, a tranquilidade da ilha é quebrada por uma batalha que envolve o mais novo caça da ONU - o VF-0.